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Not just for programmers: How GitHub can accelerate collaborative and reproducible research in ecology and evolution

Methods in ecology and evolution, 2023-06, Vol.14 (6), p.1364-1380 [Peer Reviewed Journal]

2023 The Authors. published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of British Ecological Society. ;2023. This article is published under http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ (the “License”). Notwithstanding the ProQuest Terms and Conditions, you may use this content in accordance with the terms of the License. ;ISSN: 2041-210X ;EISSN: 2041-210X ;DOI: 10.1111/2041-210X.14108

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Citations Cited by
  • Title:
    Not just for programmers: How GitHub can accelerate collaborative and reproducible research in ecology and evolution
  • Author: Braga, Pedro Henrique Pereira ; Hébert, Katherine ; Hudgins, Emma J. ; Scott, Eric R. ; Edwards, Brandon P. M. ; Sánchez Reyes, Luna L. ; Grainger, Matthew J. ; Foroughirad, Vivienne ; Hillemann, Friederike ; Binley, Allison D. ; Brookson, Cole B. ; Gaynor, Kaitlyn M. ; Shafiei Sabet, Saeed ; Güncan, Ali ; Weierbach, Helen ; Gomes, Dylan G. E. ; Crystal‐Ornelas, Robert
  • Subjects: Cloud computing ; Codification ; Collaboration ; Cooperation ; data management ; Developmental biology ; ecoinformatics ; Ecological research ; Ecology ; Evolution ; GitHub ; KNOWLEDGE MANAGEMENT AND PRESERVATION ; open science ; project management ; reproducible research ; Software ; version control
  • Is Part Of: Methods in ecology and evolution, 2023-06, Vol.14 (6), p.1364-1380
  • Description: Researchers in ecology and evolutionary biology are increasingly dependent on computational code to conduct research. Hence, the use of efficient methods to share, reproduce, and collaborate on code as well as document research is fundamental. GitHub is an online, cloud‐based service that can help researchers track, organize, discuss, share, and collaborate on software and other materials related to research production, including data, code for analyses, and protocols. Despite these benefits, the use of GitHub in ecology and evolution is not widespread. To help researchers in ecology and evolution adopt useful features from GitHub to improve their research workflows, we review 12 practical ways to use the platform. We outline features ranging from low to high technical difficulty, including storing code, managing projects, coding collaboratively, conducting peer review, writing a manuscript, and using automated and continuous integration to streamline analyses. Given that members of a research team may have different technical skills and responsibilities, we describe how the optimal use of GitHub features may vary among members of a research collaboration. As more ecologists and evolutionary biologists establish their workflows using GitHub, the field can continue to push the boundaries of collaborative, transparent, and open research. Résumé Les recherches en écologie et en biologie évolutive dépendent de plus en plus de codes informatiques pour mener à bien leurs travaux. Il est donc fondamental d'utiliser des méthodes efficaces pour partager, reproduire et collaborer sur le code ainsi que pour documenter la recherche. GitHub est un service en ligne, basé sur le nuage, qui peut aider les scientifiques à suivre, organiser, discuter, partager et collaborer sur des logiciels et d'autres matériaux liés à la production scientifique, y compris les données, le code pour les analyses et les protocoles. Malgré ces avantages, l'utilisation de GitHub en écologie et en évolution n'est pas très répandue. Afin d'aider les scientifiques en écologie et en évolution à adopter des fonctionnalités utiles de GitHub pour améliorer leurs processus de recherche, nous passons en revue douze façons pratiques d'utiliser la plateforme. Nous décrivons des fonctionnalités allant d'une difficulté technique faible à élevée, y compris le stockage de code, la gestion de projets, le codage collaboratif, l'évaluation par les pairs, la rédaction d'un manuscrit et l'utilisation de l'intégration automatisée et continue pour rationaliser les analyses. Étant donné que les membres d'une équipe de recherche peuvent avoir des compétences techniques et des responsabilités différentes, nous décrivons comment l'utilisation optimale des fonctionnalités de GitHub peut varier entre les membres d'une collaboration de recherche. Comme de plus en plus d'écologistes et de biologistes évolutionnistes établissent leurs flux de travail à l'aide de GitHub, le domaine peut continuer à repousser les limites de la recherche collaborative, transparente et ouverte. Resumo O desenvolvimento da ciência em ecologia e biologia evolutiva está cada vez mais dependente do código computacional. Assim, a utilização de métodos eficientes para partilhar, reproduzir, e colaborar em códigos e em documentos é fundamental. GitHub é um serviço online, baseado na nuvem, que pode ajudar no acompanhamento, organização, discussão, distribuição, e colaboração em software e outros materiais relacionados à produção científica, incluindo dados, código para análises, e protocolos. Apesar destes benefícios, o uso da plataforma GitHub na pesquisa em ecologia e evolução não é amplamente difundido. Para ajudar cientistas em ecologia e evolução a adotarem recursos úteis do GitHub para melhorar os seus fluxos de trabalho de pesquisa, revemos doze maneiras práticas de utilizar esta plataforma. Nós revisamos funcionalidades que variam de menor a maior dificuldade técnica, incluindo armazenamento de código, gestão de projetos, codificação colaborativa, revisão por pares, elaboração de manuscritos, e utilização de integração automatizada e contínua para aperfeiçoar análises. Dado que os membros de uma equipe de pesquisa podem ter diferentes competências técnicas e responsabilidades, descrevemos como a utilização eficaz das funcionalidades da plataforma GitHub pode variar entre os membros de uma equipe colaborando em uma pesquisa. A incoporação de métodos mais eficientes de produção de pesquisa, como os que estão disponível na plataforma GitHub, pode permitir com que a ciência em ecologia e evolução se torne cada vez mais colaborativa, transparente e aberta.
  • Publisher: London: John Wiley & Sons, Inc
  • Language: English
  • Identifier: ISSN: 2041-210X
    EISSN: 2041-210X
    DOI: 10.1111/2041-210X.14108
  • Source: DOAJ Directory of Open Access Journals
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